Theo đó, cơ sở giáo dục đại học được phân thành 3 tầng: cơ sở giáo dục đại học định hướng nghiên cứu; cơ sở giáo dục đại học định hướng ứng dụng và cơ sở giáo dục đại học định hướng thực hành. Tất cả các cơ sở giáo dục đại học trong mỗi tầng tùy theo chất lượng được sắp xếp vào 3 hạng theo thứ tự từ cao xuống thấp: hạng 1, hạng 2, hạng 3.
Nghị định cũng quy định rõ các tiêu chuẩn xếp hạng cơ sở giáo dục đại học gồm: quy mô, ngành nghề và các trình độ đào tạo; cơ cấu các hoạt động đào tạo và khoa học công nghệ; chất lượng đào tạo và nghiên cứu khoa học; kết quả kiểm định chất lượng giáo dục. Bộ GD-ĐT sẽ hướng dẫn cách tính điểm cho mỗi chỉ số của các tiêu chí theo tiêu chuẩn xếp hạng cơ sở giáo dục đại học. Việc xếp hạng cơ sở giáo dục đại học được thực hiện theo chu kỳ 2 năm.